Pelaksanaan sistem pentaksiran baharu STPM telah dimulai pada pengambilan sesi 2012 setelah diluluskan oleh Mesyuarat Jemaah Menteri (MJM) pada 4 Januari 2012.

Sebanyak 22 mata pelajaran ditawarkan dalam sistem pentaksiran baharu STPM. Namun begitu, hanya empat atau lima mata pelajaran sahaja yang perlu dipilih termasuk mata pelajaran Pengajian Am sebagai mata pelajaran wajib. Manakala mata pelajaran MUET wajib diambil oleh semua murid.

Mulai tahun 2019 mata pelajaran Tahfiz Al-Quran telah dimasukkan sebagai salah satu mata pelajaran STPM, menjadikan jumlah keseluruhan mata pelajaran yang ditawarkan adalah sebanyak 23 mata pelajaran.

Mata pelajaran STPM yang ditawarkan adalah seperti yang berikut :

Bil	Kod	Mata Pelajaran
1.	900	Pengajian Am
2.	910	Bahasa Melayu
3.	911	Bahasa Cina
4.	912	Bahasa Tamil
5.	913	Bahasa Arab
6.	920	Literature in English
7.	922	Kesusasteraan Melayu Komunikatif
8.	930	Syariah
9.	931	Usuluddin
10.	940	Sejarah
11.	942	Geografi
12.	944	Ekonomi
13.	946	Pengajian Perniagaan
14.	948	Perakaunan
15.	950	Mathematics (M)
16.	954	Mathematics (T)
17.	958	Information and Communications Technology (ICT)
18.	960	Physics
19.	962	Chemistry
20.	964	Biology
21.	966	Sains Sukan
22.	970	Seni Visual
23.	932	Tahfiz Al-Quran

Tiga kemahiran utama yang diterapkan dalam pendidikan Tingkatan 6 ialah kemahiran kognitif, kemahiran manipulatif, dan kemahiran insaniah (soft skills).